O gene da beta-caseína possui dois alelos (A1 e A2). O alelo A1 tem uma mutação que causa uma substituição na proteína da beta-caseína. A proteína proveniente do alelo A1 aumenta as hipoteses de diabetes, doenças do coração e autismo em pessoas com pré-disposição. Há um movimento internacional cujo enfoque é a produção de leite somente por animais que possuam alelo A2. Isso aumenta a saúde humana e remunera melhor o produtor. A frequência do alelo A1 pode variar em diferentes raças sendo que algumas delas têm uma predisposição menor para este alelo, predominando assim o alelo A2. Em pesquisas preliminares, as proteínas do leite A1 e A2 mostraram ter comportamentos distintos durante o processo de digestão devido a uma variação em amino ácidos. A beta-caseína A2 apresenta uma melhor digestibilidade e tolerância na digestão quando comparada a beta-caseína A1. Algumas pesquisas levam a crer que a beta-caseína A1 está relacionada a algumas afecções, incluindo intolerância láctea e dificuldades digestivas. Inúmeras pesquisas também demonstram que animais com genótipo A2A2 produzem leite com maior conteúdo de teor de gordura e proteína, resultando em maior rendimento nos processos industriais.